一、旷工三日是否合法扣除九日工资
旷工三天扣九天工资不合法。用人单位不得无故劳动者的工资，可以向劳动行政部门进行举报，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第五十条
【劳动合同解除或者终止后双方的义务】用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。
用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
二、旷工辞退如何确定经济补偿
因旷工被辞退员工是没有补偿的。如果属于劳动者主动提议并与单位协商一致解除劳动合同的，又或者是劳动者因具有严重违纪（包括旷工）、被依法追究刑事责任等情形而被单位单方面辞退的。此时个人企业就不用支付经济补偿了。要是员工不存在任何过错，个人企业无故辞退员工的话，个人企业就要按照被辞退员工在单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
三、如何界定员工旷工事件
法律网提醒，界定员工旷工事件的条件如下：
1.没有按照用人单位规定提供劳动；
2.没有正当理由；
3.没有经过用人单位同意。旷工属于严重违反用人单位的规章制度的情形，用人单位可以单方面解除劳动合同，不需要支付经济补偿或者赔偿。
《中华人民共和国劳动合同法》第八条用人单位招用劳动者时，应当如实告知劳动者工作内容、工作条件、工作地点、职业危害、安全生产状况、劳动报酬，以及劳动者要求了解的其他情况；
用人单位有权了解劳动者与劳动合同直接相关的基本情况，劳动者应当如实说明。
引用法条：
[1]《中华人民共和国劳动合同法》第八条
[2]《中华人民共和国劳动合同法》第五十条
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