《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》规定，工程转包人和被转包人之间签订的建设工程施工合同无效，人民法院在认定施工合同无效时，可以同时依法收缴当事人已经取得的非法所得。
(二)承包人与发包人之间纠纷的处理
承包人与发包人一旦签订了建设工程施工合同，承包人就应当按照合同约定全面履行合同义务。如果承包人非法转包工程项目，从施工合同主体的相对性角度来看，承包人就构成对施工合同的实质性违约，发包人当然可以根据施工合同的约定追究承包人的违约责任并可以依法解除与承包人签订的施工合同。因承包人的非法转包工程行为，造成工期延误及出现工程质量问题的，发包人还可以向承包人提出赔偿要求。
如果承包人是采取挂靠方式非法转包工程的，出借资质的被挂靠施工企业与建设单位所签订的施工合同无效。挂靠人与被挂靠人对建设单位因此而造成的损失承担连带赔偿责任。如果建设单位在知情的情况下，仍然与被挂靠的施工企业签订施工合同的，则建设单位对该转包行为也有过错，建设单位应当承担相应的过错责任。
当承包人非法转包工程被依法认定为无效后，承包人与发包人之间就不可避免的会产生工程款就算纠纷。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条、第三条的相关规定，工程款如何结算取决于工程是否竣工验收合格。建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人可以请求参照合同约定支付工程价款。建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。 因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
(三)工程转包人与被转包人之间纠纷的处理
转包人与被转包人之间签订的施工合同依法被认定为无效后，转包人与被转包人不可避免的会产生一定的经济损失。对于经济损失，应根据双方当事人(即转包人与被转包人)的过错程度和责任大小，确定他们应当承担的赔偿数额。因无效合同造成的损失范围，一般包括误工费、停工费、保管费、机械设施闲置费、租赁费、临时设施建造费等直接与该工程有关而独立发生的费用等。
(四)工程转包纠纷诉讼当事人的确定
一项工程被认定为工程转包而产生一系列纠纷时，诉讼中如何确定各当事人的诉讼地位对于诉讼成败尤为关键。如果分包人对工程转包合同纠纷提起诉讼，应列转包人和被转包人作为共同被告；如果是转包人与被转包人之间的合同纠纷，则以转包人和被转包人为诉讼主体，建设单位列为第三人；如果是发生多次转包的，则列直接产生纠纷的当事人为诉讼主体，将其他各方列为第三人。
如果承包人是采取挂靠方式非法转包的，承包人与建设单位发生的纠纷起诉到法院的，一般应以挂靠施工单位和被挂靠施工单位作为共同诉讼人，起诉或应诉。如果施工单位挂靠其他建筑施工企业，并以被挂靠施工企业名义签订施工合同的，被挂靠建筑施工企业不愿起诉的，施工单位可作为原告起诉，不必将被挂靠建筑施工企业列为共同原告。
二、工程转包的法律后果
违法分包是违反法律强制性规定的将专业工程或者劳务作业交由他人完成的行为，包括：
1、建设工程总承包合同中未有约定，又未经建设单位认可，总承包企业将专业工程交由其他单位完成；
2、将建设工程分包给不具备相应资质条件的施工企业；
3、总承包人将建设工程主体结构的施工分包给其他单位；
4、分承包人将其承包的建设工程再分包。
转包是承包人承揽工程后，不履行合同义务将该工程转让于第三人的行为，包括：
1、承包单位将其承包的全部建筑工程转包给他人；
2、承包单位将其承包的全部建筑工程肢解以后以分包的名义分别转包给他人；
3、将工程分包后，未在施工现场设立项目管理机构和派驻相应人员，并未对该工程的施工活动进行组织管理。
违法分包和转包严重扰乱建筑市场，历来为法律所禁止，但利益驱使和僧多粥少，违法分包和转包比比皆是。《解释》26条将违法分承包人和转承包人定义为“实际施工人”，实际施工人处于建筑市场链的低端，施工纠纷往往由此引发。处理此类纠纷应注意：
1、此类施工合同属于无效合同，根据“工程质量高于合同效力”原则，建设工程经竣工验收合格，实际施工人可以请求参照合同约定支付工程价款；
2、实际施工人可以对转包人、违法分包人提起诉讼，还可突破合同相对性，向发包人主张权利，由发包人在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任；
3、转包人、违法分包人以挂靠费、转包费、分包费、手续费和管理费等名义获取的非法所得，人民法院可以根据民法通则第134条规定依法收缴。
三、工程款纠纷,如何处理
1、转变观念，以营利为中心《合同法》第269条规定：“建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同”，这表明承包商缔结建设工程合同旨在获取工程款，实现营利目的，故承包商应该牢记营利之目的，改变昔日以工期和质量为管理中心的经营理念。当然，完成并交付合格工程是实现营利之前提。
2、建立企业定额，掌握报价技巧目前，工程招投标普遍实现工程量清单报价和合理低价中标的策略，故承包商应当根据本企业实际情况和吸收国外先进经验，循序渐进地建立适合自己的企业定额。如果继续套用国家定额，不能与时俱进，最终将迷失方向。投标报价时，还要充分预测到因设计变更可能导致工程量增减量的幅度，采取相应报价策略。
3、明确设置固定价的可调条件实现工程量清单必然要按照固定价报价。固定价又称闭口价，包括单价闭口和全价闭口，二者在合同约定价款包含的风险范围内，价款不再调整。但是因设计变更可能导致工程量增加，为公平起见，承包人应当明确约定固定价风险范围之外合同价款的调整方法，比如将材料价格涨幅度、工程量增减量或工期超过某限度等作为可调条件。另外，承包商不要约定将设计变更、工程量增减导致价款增加部分作为让利，否则不能请求追加工程款。
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引用法条：
[1]《解释》第二十六条
[2]《中华人民共和国合同法》第两百六十九条
[3]《中华人民共和国民法通则》第一百三十四条
[4]《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条
[5]《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第三条
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