一、员工自动离职企业要如何处理
自动离职的处理如下：
1.可根据公司的相关章程或经公司通过登报告知等方式通知离职员工限期到岗而没有到岗的就属于自动离职。
2.自动离职如果不涉及有公司提供费用的岗前培训、保密岗位协议及津贴的，不能进行处罚，该员工已经产生的工作日工资，如果员工来领时还得支付。如果涉及有公司提供费用的岗前培训、保密岗位协议及津贴的工资可以扣除相应的培训费和按照劳动合同中有关保密协议的条款提起劳动仲裁或民事诉讼要求离职职工赔偿。
3.员工自动离职如果不涉及职务发明或保密协议的，该公司没有连带责任，劳动者有自由择业的权利，只是程序上存在错误（没有提出辞职）平日里注意劳动权责分明，加强人文关怀，做好公司规定的福利落实，管理严慈相继不要过分的批评责难员工，及时发放工资，对工作积极认真且贡献突出的予以表彰奖励等。
二、公司以员工自离扣工资可以吗
一般不能，如果员工离职给公司造成了损失，公司以员工自离扣工资是可以的。但是每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准来支付。
《工资支付暂行规定》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
三、员工自离后多久要结清工资
法律网提醒您， 根据劳动合同法的规定在员工离职后的十五天之内结清全部工资。
《中华人民共和国劳动法》第五十条用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
引用法条：
[1]《工资支付暂行规定》第一十六条
[2]《中华人民共和国劳动法》第五十条
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