一、工程合同违约金应该按什么标准计算
工程合同违约金的计算按照实际损失的30%以下计算。具体如下所述：
1.合同对违约金有具体约定的按约定，对违约金无约定或约定不明确的，按没有约定处理。
2.违约金的计算依据是合同总价。
3.约定违约金数额一般以不超过合同未履行部分的价金总额为限。
《中华人民共和国民法典》第一百一十四条
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
二、合同违约金和定金能否并用
合同违约金和定金不可以并用，当事人只可择其一而行使，并且违约金和定金有数额限制。
《中华人民共和国民法典》第五百八十七条
债务人履行债务的，定金应当抵作价款或者收回。给付定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，无权请求返还定金；收受定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，应当双倍返还定金。
三、合同违约金扣除个人所得税吗
法律网提醒您，合同违约金不需要扣除个人所得税。
《中华人民共和国个人所得税法》第二条
应税所得包括以下11类：工资、薪金所得;个体工商户的生产、经营所得;对企事业单位的承包经营、承租经营所得;劳务报酬所得;稿酬所得;特许权使用费所得;利息、股息、红利所得;财产租赁所得;财产转让所得;偶然所得;经国务院财政部门确定征税的其他所得。
个人(自然人)因对方违反经济合同而取得的违约金，属于经济或财产损失的补偿性收入，因此，对该项收入不征收个人所得税。
引用法条：
[1]《中华人民共和国个人所得税法》第二条
[2]《中华人民共和国民法典》第一百一十四条
[3]《中华人民共和国民法典》第五百八十七条
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