一、劳动合同无效有争议由什么部门确认
劳动合同无效有争议由劳动争议仲裁机构或者人民法院确认。
1.劳动合同无效分为全部无效或者部分无效两种，对劳动合同的无效或者部分无效有争议的，由劳动争议仲裁机构或者人民法院确认。
2.法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条
【劳动合同的无效】下列劳动合同无效或者部分无效：
(一)以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的;
(二)用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的;
(三)违反法律、行政法规强制性规定的。
对劳动合同的无效或者部分无效有争议的，由劳动争议仲裁机构或者人民法院确认。
二、劳动合同争议举证责任是怎样的
劳动合同争议举证责任如下：
1.当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。
2.与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。
3.劳动者无法提供由用人单位掌握管理的与仲裁请求有关的证据，仲裁庭可以要求用人单位在指定期限内提供。用人单位在指定期限内不提供的，应当承担不利后果。
4.因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生的劳动争议，用人单位负举证责任。
三、申请劳动仲裁有时效的规定吗
劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。法律网提醒您，劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，不受劳动仲裁时效限制，可随时申请。
引用法条：
[1]《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条
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