一、工程合同纠纷应该如何处理
1.和解。和解是指当事人因合同发生纠纷时可以再行协商，在尊重双方利益的基础上，就争议的事项达成一致，从而解决纠纷的方式。
2.调解。凋解是指在第三人的主持下，通过运用说服教育等方法来解决当事人之间的合同纠纷。调解有两种方式，一是人民调解委员会调解当事人发生合同纠纷，可以向纠纷当事人所在地或者纠纷发生地的人民调解委员会申请调解。二是行政调解。
3.仲裁。仲裁是指发生合同争议的双方当事人，根据争议发生前或发生后达成的仲裁协议，将纠纷提交仲裁机关进行裁决并解决纠纷的方式。
4.诉讼。诉讼是指合同纠纷发生后，当事人如果没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对合同纠纷依法予以处理。
二、工程合同纠纷要准备什么证据
1.建筑工程承包书面合同，包括有关修改承包合同的设计变更文件、洽谈记录、会议纪要以及资料、图表等。
2.开工日期、延期开工原因的证明材料。
3.工程价款支付方式、延期付款及其原因的证明材料。
4.材料供应方式、未按约定标准或期限供应材料或双方协商变更材料的证明材料。
5.工程质量鉴定结论。
6.峻工报告、延期峻工原因的证明材料。
7.峻工验收日期，未按期竣工验收原因的证明材料。
8.工程结算方式。双方签证的决算报告或建设银行审定的决算。
9.保修期内发包人通知承包人进行维修的范围、时间和承包人拒绝维修，发包人委托他人维修费用的证明材料。
10.违约方的主要违约事实，及应承担违约责任的证明材料。
三、工程合同纠纷诉讼时效
法律网提醒您，工程纠纷诉讼时效是三年，自纠纷产生之日起计算。法律规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
引用法条：
[1]《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
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