一、在建工程转让合同金额变化,允许退还契税吗
根据我国《城市房地产管理法》第五十二条规定：“房地产抵押合同签订后，土地上新增的房屋不属于抵押财产。需要拍卖该抵押的房地产时，可以依法将土地上新增的房屋与抵押财产一同拍卖，但对拍卖新增房屋所得，抵押权人无权优先受偿。”；我国《民法典》规定：“建设用地使用权抵押后，该土地上新增的建筑物不属于抵押财产。该建设用地使用权实现抵押权时，应当将该土地上新增的建筑物与建设用地使用权一并处分，但新增建筑物所得的价款，抵押权人无权优先受偿。”建议重新补充借款协议或重新签订。
二、在建工程转让的土地增值税问题
根据《国家税务总局关于印发的通知》（国税函发[1995]110号）在具体计算增值额时，区分以下几种情况进行处理：
1、对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款，交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。
2、对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的，计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，和开发土地所需成本再加计开发成本的20％以及在转让环节缴纳的税金。
3、对取得土地使用权后进行房地产开发建造的，在计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款和有关费用、开发土地和新建房及配套设施的成本和规定的费用、转让房地产有关的税金，并允许加计20%的扣除。由于土地增值税计算业务复杂性，企业需要提交相关详细资料到主管税务机关进行判断。
三、在建工程转让涉税有哪些
（一）营业税：由转让方缴纳。如果已经完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，尚未转入施工阶段的在建项目，按“转让无形资产”税目中的“转让土地使用权”，依5%缴纳营业税。如果已经转入建筑物施工阶段，按“销售不动产”税目依5%缴纳营业税（同时缴纳城建税、教育费附加、防洪费和地方教育附加）。
（二）企业所得税：在建工程出售视同企业财产销售，应一并计算缴纳企业所得税。
（三）印花税：签订合同双方各按合同所载金额的万分之五缴纳印花税。
以上就是法律网小编为您介绍的关于在建工程转让合同金额变化,允许退还契税吗的相关内容，我们在计算购房契税的时候，需要考虑到房屋的不同情况，如面积大小、性质差异等等。如果你还有其他的法律问题，请及时咨询律师处理，法律网提供专业律师，欢迎您进行法律咨询。
引用法条：
[1]《中华人民共和国民法典》
[2]《中华人民共和国城市房地产管理法》第五十二条
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