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就税法通则而言，与其他财产转让一样，股权转让收益的性质属于资本利得。资本利得的计税基础是财产转让所得与所转让财产取得成本之间的差额。根据国家税务总局的文件，股权转让收入是“股权转让收入减去股权投资成本的差额”或“股权转让价格减去股权投资成本的差额”
，股权转让收益与其他财产转让收益有很大区别，不仅是财产处置收益，还包含“持有收益”，即，以被投资企业在持有股权期间的经营活动利润为基础，转让方应享有的权益增加部分。如果被投资企业将新增利润全部分配给股东，将成为股东的分红收益。但是，基于法律的要求和企业的需要，企业不会做出充分的分配。未分配盈余留存被投资企业的，在资产负债表中构成“盈余公积金”或“未分配利润”。对于股权持有人来说，这些留存收益通常增加了股权的内在价值，在处置股权时可以变现，这是以资本利得的形式表现出来的
根据我国现行企业所得税法，股利所得和财产转让所得的税收处理是完全不同的。股利收入是投资者从被投资单位取得的税后利润，属于企业所得税。原则上，国内企业对这部分收入实行税收抵免，只按差额税率缴纳所得税[9]外商投资企业从其他企业获得的红利完全免税。相反，财产转让所得需要全部纳入企业应纳税所得额，依法缴纳企业所得税。股权转让所得，相当于股权转让所得中的股利部分（持有所得）在股利和资本利得税负不同的情况下承担双重税收，税法如何规定股权转让所得的计算口径以及是否确认可能持有的所得，直接影响到企业纳税人在股权转让中的行为，特别是转让时机的选择。具体来说，如果税法没有区分“持有所得”和“处置所得”，而是要求将股权转让价款与成本价款之间的差额作为应纳税所得额，则股权持有人倾向于在被投资企业分配全部留存收益后转让股权，从而最大限度地发挥股息免税的效益。相反，如果税法规定股权转让所得中的“持有所得”部分可视为分红，那么股权持有人就不会太在意被投资企业的利润分配。无论被投资企业是否分配，股权转让方都可以从股权转让收入中剔除被投资企业留存收益对应的“持有收益”作为计税依据
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