首先，要看这个子公司与母公司的往来款问题，如果是属于子公司欠母公司债务的，清算期子公司应该偿还母公司。
然后，再看子公司是否有清算所得。子公司的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额，为清算所得。有清算所得的情况下，适用25%的税率计算应缴纳的企业所得税。
不能简单的就以货币资金的金额以及与母公司往来款金额的总和缴纳所得税企业清算的所得税处理参考《财政部 国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》。
企业清算的所得税处理包括以下内容：
(一)全部资产均应按可变现价值或交易价格，确认资产转让所得或损失；
(二)确认债权清理、债务清偿的所得或损失；如果欠母公司的往来款，母公司放弃债权，那么应计算清算所得，计算企业所得税。
二、子公司注销时债权债务怎样处理
子公司和分公司不同，子公司有独立法人地位，在公司清算中应清偿公司的债务，收回公司的债权。如果清算中发现公司资不抵债的，应进入破产程序。如果财产足以清偿债务的，公司股东分配剩余的财产，没有收回的债权可以转由股东享有。
三、子公司注销流程怎么走
子公司注销流程主要分为六步：工商注销备案-注销登报公告-国地税注销-工商注销-代码注销-银行注销。
（一）工商注销备案，所需材料：
1、公司营业执照正副本原件及副本复印件
2、公司股东会决议(成立清算组、解散公司)
3、委托代理人证明
4、注销申请书
5、公章
6、公司老章程
（二）注销登报公告所需材料：
1、公司营业执照复印件、公司股东会决议复印件。
2、法定代表人身份证复印件
3、公告内容
（三）注销国地税登记证，所需资料：
1、国地税正副本
2、本年度汇算清缴报告
3、注销报告
4、填写税务注销表格
（四）工商注销所需资料：
1、公司营业执照正副本原件
2、国地税注销证明文件原件及复印件
3、公司股东会决议(解散公司、确认清算报告)
4、公司清算报告
5、注销申请书
6、委托代理人证明
7、公章
（五）注销代码证，所需资料：
1、营业执照注销证明文件
2、代码证原件
（六）银行注销，需要材料：
1、国地税注销结果通知单
2、组织机构代码正本
3、营业执照正本
4、公章、财务章、法人私章
5、法人身份证原件
6、经办人身份证原件
7、印鉴卡
8、印鉴卡上预留印鉴
9、基本账户开户许可证
10、支票本
11、电汇凭证等银行相关资料
12、销户申请书
一般来说，子公司在清算时首先要看是否欠总公司债务的，如果有，那么在企业清算时需要先偿还后才计算企业所得税。以上便是法律网小编为您整理的“子公司注销时应如何计算缴纳企业所得税”全文。如果您还有关于公司法相关的疑问，欢迎您到法律网咨询专业律师。
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